Homo Neanderthalensis ou l'homme de Néandertal a vécu en Europe et en Asie, il y a environ 250 000 ans puis il a disparu, il y a environ 28 000 ans. Depuis les années 1960, les archéologues et paléoanthropologues ont mis à jour des indices qui montrent un être robuste avec un cerveau volumineux et bien adapté à son milieu. C'est la première "espèce humaine" disparue.
L'homme de Néandertal a été découvert dans la vallée de Neander (Neandertal) située entre Düsseldorf et Wuppertal en Allemagne. C'est dans la grotte de Feldhofer en aout 1856, que des ouvriers découvrent des ossements et un fragment de crâne, alors qu'ils exploitent une carrière.
Charles Darwin ne publie sa théorie sur l'origine des espèces par la sélection naturelle, qu'en 1859.
En 1886, deux squelettes sont découverts dans la Grotte de Spy en Wallonie (Belgique) et en 1908, on découvre la sépulture de l'Homme de la Chapelle-aux-Saints en Corrèze (France). Après ces deux découvertes, la communauté scientifique annonce l'existence d'une nouvelle espèce humaine, l'Homo Neanderthalensis. Mais il faudra un siècle à la communauté scientifique pour admettre que l'homme de Néandertal était un homme d'une grande richesse culturelle. L'homme de Néandertal fait l'objet de nombreux débats, en particulier celui de savoir s'il représente une sous-espèce de l'espèce Homo sapiens ou une espèce indépendante.
Cette lignée éteinte a pu mélanger son patrimoine génétique avec l’homme actuel car deux sous-espèces peuvent se croiser et avoir une descendance fertile, alors que deux espèces différentes, en théorie, ne le peuvent pas. Les nombreuses études paléoanthropologiques des ossements ne permettent pas de se prononcer clairement sur la classification de l'homme de Néandertal.
Cependant les analyses d'ADN d'ossements de Néandertaliens et d'Homo sapiens indiqueraient une séparation des lignées pendant 500 000 ans. Peut-être ont-ils eu un ancêtre commun l'Homo Erectus qui vivait il y a 500 000 ans. La séquence d'ADN entre - 29 000 et - 42 000 ans, au moment où Néandertal cohabite avec Homo Sapiens, montre la disparition progressive de certains génotypes, et l'appauvrissement génétique de l'espèce. Une autre hypothèse est envisagée selon laquelle les Néandertaliens auraient contribué au génome des populations d'humains modernes non africaines. Les Néandertaliens se sont adaptés peu à peu au climat plus froid de l'Europe mais de nombreux autres facteurs ont également dû intervenir. Son squelette montre entre autre, une corpulence massive et robuste, la présence d'un épaississement osseux au-dessus des orbites, un front fuyant, un cerveau volumineux, des orbites hautes et une cavité nasale large. Les Néandertaliens disparaissent progressivement au moment où des groupes d'Hommes de Cro-Magnon quittent le Proche-Orient pour l'Europe, il y a environ 40 000 ans. Les Hommes de Néandertal et les Hommes « modernes » ont probablement cohabité pendant plusieurs millénaires, cependant nous n'avons pas de traces de morts violentes ou de traces de cohabitation prolongée sur un même territoire. Il est possible aussi que la population néandertalienne rousse et blonde se soit diluée par introgression dans la population noire des Homo sapiens venue d'Afrique, hypothèse envisagée pour expliquer sa disparition. Les modélisations développées par l'anthropologue Michel Barton et son équipe montrent également que, selon les lois de la génétique des populations, même un faible échange de gènes suffit à amener ce résultat (Sapiens - Neandertal, Science & Vie n° 1134, mars 2012).
Le métissage entre l’homme de Néandertal et l’homme moderne se précise. Les anthropologues ont découvert une preuve supplémentaire d’un métissage entre l’homme de Néandertal et l’homme moderne. L’étude, cosignée par Sylvana Condemi de l’université d’Aix-Marseille, a été publiée dans Plos One, le 27 mars 2013. Ce sont les os d’un Néandertalien exposés au Muséum d’histoire naturelle de Vérone qui ont permis cette conclusion. Une mandibule vieille de 35 000 ans, mise à jour en 1957, à Riparo Mezzena dans une grotte Italienne a été analysée par les anthropologues pour conclure à un métissage entre l'homme moderne et l'homme de Néandertal. Les anthropologues ont d'abord vérifié qu’elle appartenait bien à un Néandertalien et cette mandibule a bien toutes les caractéristiques morphologiques d’un homme de Néandertal. Les chercheurs ont ensuite réussi la prouesse d'extraire du collagène de la mandibule pour analyser l’ADN mitochondrial. Ces molécules génétiques sont transmises exclusivement par la mère et elles montrent qu'elles appartiennent bien à un homme de Néandertal.
Cependant il semble que le menton néandertalien a une parenté avec celui de Homo sapiens, d'autant plus que qu'à la même époque les hommes modernes existaient déjà et certains vivaient pas très loin du site de la découverte, à seulement 20 km de la grotte de Fumane. D’autres mâchoires néandertaliennes découvertes un peu partout en Europe montrent aussi cette singulière similitude du menton. L'hybridation entre les deux bipèdes se précise de plus en plus depuis 2010 date à laquelle une équipe de chercheurs (Max Planck institute for Evolutionary Anthropology) a montré que 4 % du génome humain était identique aux Néandertaliens.
Les ancêtres de l'homme de Néandertal sont venus d'Afrique. Ce serait donc un descendant de Homo Heidelbergensis ayant vécu entre environ 600 000 ans et 200 000 ans avant notre ère. Pendant des dizaines de milliers d'années, les Néanderthaliens se sont déployés sur les vastes territoires d'Europe en fonction des contraintes environnementales. A cette lointaine époque, les Néanderthaliens chassent les grands mammifères, qu'ils dépècent, désarticulent, décharnent comme nous. Comme nous, ils ont conscience de la mort, ils enterrent leurs morts et pratiquent des rites funéraires, mais ils ont laissé très peu de traces, hors mis les sépultures. Il n’y a pas de hiérarchie dans l'évolution des hominidés, ils n'ont fait que s'adapter aux aléas temporels de l'environnement. Comme l'a dit Claude Lévi-Strauss, « Il n'y a pas de civilisation primitive, ni de civilisation évoluée, il n’y a que des réponses différentes à des problèmes fondamentaux et identiques. ». En mai 2010, la revue Science publie les résultats d'une étude de l'institut Max Planck de Leipzig qui compare le matériel génétique de l'homme de Néandertal avec celui d'Homo sapiens. Cette équipe menée par Svante Pääbo et Richard Green a montré que leur génome était à 99,7 % identique au premiers hommes modernes, pour rappel, le génome de l’Homme actuel est à 98,8 % identique à celui du chimpanzé. Ces petits écarts suffisent à déconnecter les deux espèces. D'après cette étude, il est probable que les Européens et les Asiatiques possèdent aujourd'hui quelques gènes néanderthaliens. Pourtant, les caractères néandertaliens ne sont pas identiques selon les régions d'Europe. Plus ils se déplacent vers l'ouest et plus leurs caractères néandertaliens sont prononcés. C'est ce que les scientifiques appellent, la spéciation par distance.
La spéciation est le processus évolutif par lequel de nouvelles espèces vivantes apparaissent.
Les variations géographiques favorisent, à partir d'une seule espèce ancestrale, la dérive génétique, et les divergences d'évolution peuvent amener à la spéciation de deux espèces différentes. C'est ce qui explique pourquoi, plus les populations de Néanderthaliens sont occidentales et plus elles présentent des caractères néandertaliens prononcés. L’étude de l'ADN ancien ne permet pas d’expliquer les différences observées entre les néandertaliens et les hommes modernes. Pour comprendre la difficulté à expliquer l'évolution lentes des caractères génétiques humains, il suffit d'imaginer les migrations, pendant des dizaines de milliers d'années, de populations sur des territoires où d'autres populations vivent déjà. Lorsqu'une population migre sur un vaste territoire, elle rencontre des populations qui présentent des caractères de plus en plus marqués (spéciation par distance), au fur et à mesure qu’elles vont se déplacer plus profondément dans le territoire. Si au début le métissage est possible, petit à petit la différenciation atteint un degré tel, que l’hybridation n’est plus possible entre les deux groupes.